Upaya mengatasi masalah kapasitas sungai di Jakarta yang sempit dan sering meluber sejak dahulu sudah dan terus dilakukan. Dalam upaya ini setidaknya ada dua cara yang pernah dipakai, yakni normalisasi dan naturalisasi sungai.
Program naturalisasi merupakan program yang bisa dibilang meniru cara cara yang dilakukan di eropa pada era tahun 70 atau 80an. Biasanya normalisasi dilakukan dengan membangun pembatas beton di sekitar daerah aliran sungai atau juga dengan membangun kanal kanal serta melakukan pengerukan sungai.
Sedangkan untuk program naturalisasi sungai seperti yang dilakukan Anies Baswedan ketika menjabat sebagai gubernur DKI dilakukan untuk mengembalikan kondisi sungai menjadi alami sebagaimana mestinya. Untuk melakukan naturalisasi sungai biasanya dilakukan dengan menanami pinggiran sungai dengan tanaman tanaman yang mampu menyerap air serta bisa juga dilakukan dengan mempertahankan aliran sungai yang berkelok kelok.
Seperti yang diungkap Anies ketika diwawancarai andy noya di acara kick andy ( video bisa dilihat di https://www.youtube.com/watch?v=Fw_K4naTTNc), program normalisasi sungai memang berbeda dengan program normalisasi sungai. Jika program normalisasi sungai umumnya dilakukan dengan cara betonisasi atau kanalisasi, program naturalisasi dilakukan dengan cara mengembalikan fungsi sungai menjadi daerah resapan air, kawasan hijau dan mengembalikan ekosistem sebagaimana kondisi alamiahnya dulu. Keduanya memang beda prinsip kerja namun tujuan utamanya tetap sama yakni meningkatkan kapasitas sungai sehingga bisa mencegah banjir saat hujan deras berkepanjangan.
Ada sejumlah keunggulan yang dimiliki naturalisasi sungai ini dibandingkan dengan normalisasi. Beberapa diantaranya adalah adanya naturalisasi sungai menjadikan sungai sebagai ekosistem yang cocok untuk ikan ikan dan makhluk hidup penghuni sungai lainnya. Dengan kata lain naturalisasi sungai ini tak hanya bermanfaat untuk manusia yang tinggal di sekitar sungai saja akan tetapi juga bermanfaat untuk kehidupan lain yang ada di sungai baik hewan maupun tumbuhan. Naturalisasi sungai yang dilakukan di Jakarta juga bertujuan untuk menjadikan Jakarta sebagai kota layak hidup bagi seluruh makhluk yang ada di sana.
Tidak hanya itu saja, program naturalisasi sungaia yang menjadikan air masuk ke tanah bukan mengalir langsung ke laut ini juga bisa bermanfaat saat musim kemarau. Saat musim kemarau dengan adanya naturalisasi sungai maka resiko kekeringan bisa diminimalisir. Hal ini karena tanah dan tumbuhan yang ditanam di sekitar aliran sungai bisa menampung air dalam jumlah yang cukup banyak.